Niekwestionowaną zaletą transportu multimodalnego jest możliwość spedycji towaru na ogromne odległości, co jest niemożliwe w przypadku spedycji korzystających z tylko jednej formy transportu. Warto też zwrócić uwagę na szybkość przewozu. Wpływa na to ogromna optymalizacja całego procesu, wynikająca z łączenia różnych rodzajów spedycji. W zależności od możliwości danego terenu, wykorzystuje się dostosowaną do tego gałąź transportu: np. samochody ciężarowe i kolej na lądzie (dobrym przykładem są ekspresowe pociągi towarowe z Chin do Europy), a kontenerowce na morzu. Dlatego to świetne rozwiązanie między innymi dla handlu produktami, które cechuje stosunkowo krótka data przydatności lub sezonowość - np. w obrocie towarami, takimi jak artykuły spożywcze czy odzież. Jeśli zależy nam na cenie, transport multimodalny znów może okazać się dobrym wyborem (szczególnie, gdy jednym z rodzajów transportu jest spedycja morska). Podobnie, jeśli naszym priorytetem jest bezpieczeństwo towarów - możemy przecież skorzystać z opcji transportu intermodalnego, który zakłada wykorzystanie kilku gałęzi transportu przy zachowaniu tej samej jednostki ładunkowej, a to znacznie zmniejsza ryzyko uszkodzeń. Co więcej, zamawiający, wybierając transport multimodalny, ponosi tylko jedną, całościową opłatę przewozową.
Z drugiej strony, ten rodzaj transportu może nieść ze sobą także pewne niedogodności, związane jednak głównie ze stroną techniczną. W celu zwiększenia wydajności procesu, najczęściej dąży się do jednostkowania przesyłanego towaru, czyli łączenia wielu opakowań w jedną całość, tzw. jednostkę ładunkową, a to może być uciążliwe. Jeśli nie korzystamy z tej zunifikowanej opcji, a na trasie podróży towaru od nadawcy do odbiorcy znajduje się kilka punktów przeładunkowych (np. dźwigi, suwnice), zwiększa się ryzyko uszkodzenia. Ograniczone są też możliwości przewozu przesyłek specjalnych, np. zwierząt. d